Деревья какао страдают от болезней, как и любые культурные растения. Вдобавок подходящий какао природный ареал обитания заметно страдает от изменений климата, причём разнообразных: где-то становится слишком влажно, а где-то — слишком сухо и жарко.
Ещё одна проблема — постоянно возрастающий спрос заставляет фермеров в развивающихся странах вырубать под плантации леса, и в Западной Африке это уже стало серьёзной причиной беспокойства для экологов. Такие крупные производители шоколада, как Fazer, предвидят возможные проблемы с сырьём, особенно для массовых брендов, и несколько лет назад начали всё активнее участвовать в проектах по созданию синтетического шоколада. В отличие от соевых батончиков, он будет сделан из почти настоящих плодов какао. Команды учёных из Швейцарии и Финляндии уже научились культивировать их клетки в биореакторе. Среди достоинств этого метода, кроме очевидных (экологичность, независимость от климата и болезней), ещё и возможность выбрать в качестве стартовой культуры сорта какао с лучшими органолептическими характеристиками. После того как клетки вырастают, их отправляют в чаны ферментироваться, как и обычные бобы какао, поскольку именно так шоколад приобретает богатство и сложность вкуса.
Пока никто не ставит задачу заменить настоящий шоколад целиком, но иметь в распоряжении альтернативные варианты на случай возможных проблем, безусловно, полезно.